Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.
W postapokaliptycznym świecie, gdzie miasta są mobilne i walczą ze sobą o zasoby, aspirujący do wyższych sfer Tom zapobiega zabójstwu przywódcy Londynu. Jednak gdy uratowany pozbywa się swego wybawcy, ten zawiera sojusz z niedoszłą zabójczynią, żądną zemsty Hester.
Sam Flynn to 27-letni maniak technologii, który poszukuje zaginionego ojca. W końcu trafia do świata dzikich programów i zabójczych gier, gdzie jego ojciec żył przez 25 lat. Ojciec z synem odbywają podróż, przez niesamowitą, wirtualną krainą, który będzie nie tylko trudna, ale i śmiertelnie niebezpieczna.
Żądne władzy nad ludźmi wampiry odkrywają, że nie są w stanie powstrzymać polującego na nie Blade’a. Postanawiają więc zrobić z niego seryjnego mordercę.
Na Ziemi ląduje trzech Wenusjan, planujących wyssać energię życiową z napotkanych mężczyzn. By ułatwić sobie to zadanie kosmici, dzięki umieszczonemu na nadgarstku urządzeniu, zmieniają się w piękne kobiety. Po tej transformacji żaden mężczyzna nie może im się oprzeć i wszyscy stają się łatwym łupem. Resztki ich ciał wkrótce odnajduje policja, a sprawa zostaje przydzielona niezbyt rozgarniętemu detektywowi Oakenshieldowi.
Dwóch agentów ciężko rani ściganego przez nich obcego. Ten zanim zapada w trans aktywuje w swoim statku cybernetycznego potwora pełniącego rolę obrońcy. Stwór otacza miasteczko polem siłowym i zaczyna eliminować ludzi w nim uwięzionych.
Do małego miasteczka w Colorado przyjeżdża, wyrzucony z policji za problem z alkoholem Reuben Castle, wraz ze swoją nastoletnią córką. Zbiega się to w czasie z serią niewytłumaczalnych morderstw krów, należących do okolicznych ranczerów. Początkowo Reuben nie chce mieszać się w śledztwo, ale gdy zostaje otruty jego przyjaciel, postanawia odkryć prawdę. Z pomocą przychodzi mu miejscowa pani szeryf, w której się zakochuje. Wkrótce na jaw wchodzi, że za wszystkim stoi grupka najemników przeprowadzająca testy supernowoczesnej broni.
Chicago. Truman Gates jest policjantem, który zawsze wierzył, że życie zgodnie z prawem ma sens. Gdy jego młodszy brat Gerald zostaje zamordowany, chce dochodzić sprawiedliwości, prowadząc śledztwo. Jednak jego starszy brat, Briar, planuje zemstę na zabójcy. Oczekuje, że Truman mu w tym pomoże.
Detektyw Angel Wolfe, rozpoczyna własne śledztwo próbując odszukać zabójców brata. Trop wiedzie ją do Dr. Sin Do i jego małego imperium, na jednej z tropikalnych wysp. By się tam dostać Angel prosi o pomoc swoje dwie przyjaciółki i razem wyruszają na organizowany przez Sin Do turniej.
Odległa przyszłość, w której powstała agencja Condor zwalczająca przestępczość na całym świecie. Po trzech latach z więzienia ucieka niezwykle groźna przestępczyni zwana Czarną Wdową. Gdy policja pozostaje bezradna, agencja wysyła za nią swojego najlepszego agenta Christophera Proctora oraz jego nową partnerkę będącą eksperymentalnym androidem.