Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na świecie, założył szkołę, w której "mutanci" uczą się wykorzystywać swoje moce dla dobra całej ludzkości - tej samej, która nie chce uznać ich prawa do życia i samostanowienia...
W szkole profesora Xaviera pojawia się dwoje nowych "mutantów": Logan / Rosomak, samotnik ze stalowymi szponami u rąk, który posiadł niezwykłą moc regeneracji i Marie / Ruda, wyalienowana nastolatka, która pochłania siły życiowe i wspomnienia każdego, kogo dotknie.
Rosomak i Ruda wstępują w szeregi "X-Menów", którzy stają do walki z dawnym kolegą profesora Xaviera, Erikiem Lehnsherrem zwanym "Magneto". Magneto, dysponujący ogromną mocą "mutant" odwrócił się od społeczeństwa, wyznaje bowiem pogląd, że ludzie i "mutanci" nie mogą pokojowo współistnieć...
Kontynuacja przeboju kinowego z 2014 roku. Teraz bohaterowie muszą powrócić, by uratować miasto przed niebezpiecznym zagrożeniem. Raphael, Splinter, Donatello i Michelangelo muszą walczyć jeszcze z większymi i gorszymi złoczyńcami, którzy pod przywództwem Shreddera chcą zrealizować plan zapanowania nad światem.
Charles Xavier (James McAvoy) posiada niezwykłą moc telepatii. Zostaje poproszony przez CIA o pomoc w złapaniu innych ludzi obdarzonych nadprzyrodzonymi mocami, którzy zagrażają bezpieczeństwu narodowemu USA. Młody profesor zaczyna rekrutować innych mutantów, którzy mu pomogą w walce z niebezpiecznymi osobnikami.
Jest to opowieść o młodym robocie z niewiarygodnymi mocami. Został stworzony przez genialnego naukowca, by zastąpić mu utraconego syna. Nie mogąc sprostać oczekiwaniom opłakującego ojca, nasz bohater wyrusza w podróż w poszukiwaniu akceptacji, doświadczając zdrady i odnajdując podziemny świat robotów gladiatorów, zanim wróci, by uratować Metro City i pogodzić się z człowiekiem, który go odrzucił.
Nieudana akcja sprawia, że tajny agent, Dick Steele (Leslie Nielsen), wycofuje się ze służby. Mijają lata... Dick postanawia wkroczyć do akcji, kiedy córka jego ukochanej znajduje się w niebezpieczeństwie.
Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.
W postapokaliptycznym świecie, gdzie miasta są mobilne i walczą ze sobą o zasoby, aspirujący do wyższych sfer Tom zapobiega zabójstwu przywódcy Londynu. Jednak gdy uratowany pozbywa się swego wybawcy, ten zawiera sojusz z niedoszłą zabójczynią, żądną zemsty Hester.
Nick Fury jest szefem międzynarodowej agencji S.H.I.E.L.D, która czuwa nad światowym bezpieczeństwem. W obliczu globalnego zagrożenia staje przed zadaniem stworzenia drużyny, która podoła najbardziej nieprawdopodobnym wyzwaniom. Do swojego zespołu rekrutuje ludzi z niezwykłymi zdolnościami. Znajdą się w nim słynne postaci z uniwersum Marvela - Iron Man, Hulk, Thor, Kapitan Ameryka, Sokole Oko i Czarna Wdowa. Porozumienie w drużynie złożonej z takich indywidualności, nie będzie łatwe do osiągnięcia. Fury wie jednak, że tylko działając wspólnie, mogą ocalić świat przed zniszczeniem.