Filmy marvel, eksperyment, nadprzyrodzona moc

Dr Bruce Banner prowadzi badania nad niewyjaśnionymi przypadkami nadludzkiej siły, jaką zyskali niektórzy ludzie, w sytuacjach zagrożenia życia. W końcu udaje mu się odkryć, że stało się tak dzięki promieniowaniu gamma. Chcąc udowodnić swoją teorię Bruce napromieniowuje się, ale w wyniku awarii dawka jest o wiele wyższa. Tej samej nocy Banner wścieka się i przemienia w zielonego potwora.

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.

Nastolatka Jubilation Lee, odkrywa przed światem swoje nadludzkie możliwości i zostaje schwytana przez władze. Dzięki interwencji Emmy Frost i Seana Cassidy'ego trafia do szkoły dla mutantów, gdzie uczy się panować nad swoim talentem, wraz z grupką innych nastolatków. Wkrótce przyjdzie im wykorzystać swoje talenty w walce, z szalonym naukowcem Russelem Treshem, potrafiącym wnikać w sny innych ludzi.

Podczas eksperymentu z wykorzystaniem energii gamma, naukowcy Hydry tworzą istotę z czystej energii. Początkowo Zzzax wydaje się niegroźny, ale w miarę pochłaniania energii i wiedzy zaczyna ewoluować stając się niemal niezwyciężony. Widząc co się dzieje Hulk i Iron Man próbują go powstrzymać zanim pochłonie wszelkie źródła energii na planecie.