Filmy marvel, przemiana, naukowiec

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na świecie, założył szkołę, w której "mutanci" uczą się wykorzystywać swoje moce dla dobra całej ludzkości - tej samej, która nie chce uznać ich prawa do życia i samostanowienia... W szkole profesora Xaviera pojawia się dwoje nowych "mutantów": Logan / Rosomak, samotnik ze stalowymi szponami u rąk, który posiadł niezwykłą moc regeneracji i Marie / Ruda, wyalienowana nastolatka, która pochłania siły życiowe i wspomnienia każdego, kogo dotknie. Rosomak i Ruda wstępują w szeregi "X-Menów", którzy stają do walki z dawnym kolegą profesora Xaviera, Erikiem Lehnsherrem zwanym "Magneto". Magneto, dysponujący ogromną mocą "mutant" odwrócił się od społeczeństwa, wyznaje bowiem pogląd, że ludzie i "mutanci" nie mogą pokojowo współistnieć...

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.

Dr Bruce Banner prowadzi badania nad niewyjaśnionymi przypadkami nadludzkiej siły, jaką zyskali niektórzy ludzie, w sytuacjach zagrożenia życia. W końcu udaje mu się odkryć, że stało się tak dzięki promieniowaniu gamma. Chcąc udowodnić swoją teorię Bruce napromieniowuje się, ale w wyniku awarii dawka jest o wiele wyższa. Tej samej nocy Banner wścieka się i przemienia w zielonego potwora.

Dr Bruce Banner udaje niepełnosprawnego członka ekipy sprzątającej, by dostać się do pilnie strzeżonego laboratorium. Kontynuując swoje eksperymenty zostaje zdemaskowany przez doktora Ronalda Pratta, który poznawszy jego historię zaczyna mu pomagać. Wszystko idzie dobrze, do czasu gdy w laboratorium pojawia się szpieg.