Filmy marvel, teleportacja, porwanie

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.

W świecie pełnym strachu przed wrogimi mutantami rodzi się grupa ludzi o nadzwyczajnych, nieprawdopodobnych umiejętnościach. By mogli oni trenować i doskonalić swoje moce bez obaw o własne życie, profesor Xavier tworzy dla nich na terenie własnej posiadłości Szkołę Młodych Talentów. Od tej pory jako grupa X-Men muszą walczyć o swoje prawa z nadzieją, że uda im się uczynić świat bezpieczniejszym, a ludzie i mutanci wreszcie będą mogli żyć razem w zgodzie i harmonii. Jednak podczas gdy X-Men pod wodzą swojego mentora walczą o pokój, są też tacy, którzy starają się wyeliminować ludzką rasę, aby zrobić miejsce dla istot wyższych - mutantów. Od tej pory zacięta walka toczy się już nie tylko między dwoma gatunkami...

Kreskówka opowiada o przygodach grupy mutantów – osobach posiadających nadludzkie zdolności. Profesor Charles Xavier otwiera szkołę dla dzieci „specjalnie uzdolnionych” i stara się ściągnąć do niej jak najwięcej młodych mutantów, by uczyć ich, jak mają sobie radzić ze swymi mocami. Pomagają mu w tym ci, którzy niezwykłe umiejętności posiadają już od dłuższego czasu – Sztorm, Wolverine i Bestia. Pod ich czujnym okiem swe zdolności rozwijają między innymi Cyklop, Jean, Kurt oraz Ruda. Muszą sobie oni radzić nie tylko z ukrywaniem swej mocy, ale także z wrogimi im mutantami, którzy pod przewodnictwem Magneta próbują zdominować świat…

Po nagłej eksplozji z Instytutu Xaviera w niewyjaśniony sposób znikają telepaci: Profesor Charles Xavier oraz Jean Grey. Rok później rząd, w celu zapewnienia bezpieczeństwa ludzkości, rozpoczyna walkę z mutantami. W odpowiedzi Wolverine postanawia ponownie zebrać drużynę x-menów, która rozpadła się po zaginięciu Profesora Xaviera.