Filmy surrealizm, nastoletni bohater, naukowiec

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na świecie, założył szkołę, w której "mutanci" uczą się wykorzystywać swoje moce dla dobra całej ludzkości - tej samej, która nie chce uznać ich prawa do życia i samostanowienia... W szkole profesora Xaviera pojawia się dwoje nowych "mutantów": Logan / Rosomak, samotnik ze stalowymi szponami u rąk, który posiadł niezwykłą moc regeneracji i Marie / Ruda, wyalienowana nastolatka, która pochłania siły życiowe i wspomnienia każdego, kogo dotknie. Rosomak i Ruda wstępują w szeregi "X-Menów", którzy stają do walki z dawnym kolegą profesora Xaviera, Erikiem Lehnsherrem zwanym "Magneto". Magneto, dysponujący ogromną mocą "mutant" odwrócił się od społeczeństwa, wyznaje bowiem pogląd, że ludzie i "mutanci" nie mogą pokojowo współistnieć...

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.